※2014年5月22日追記
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[Maverics 10.9.3]
をクリーンインストールした後だと、
こちらのアプリ（Ver5.2）を使っても
フォントが変更されませんでした・・・
もしかしたら今後対応されるかもですが。
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Macは、元々システムフォントがヒラギノというとても美しいフォントなので、別に変更する必要もないのですが、「美しいフォント」よりも「可愛くて読みやすいフォント」が好きなホンディは、すごくシステムフォントを変更したかったんです。

各アプリケーション毎には、フォント変更できるものもあるので、それはそれで別々に設定しているのですが、Finderを！Finderをぉぉぉぉぉぉ！

と言うことで、ホンディ探しました。
そしたらすぐ見付かりましたwww

TinkerToolというアプリです。
遷移先は英語サイトなのですが、そこは怖がらずにDownloadページでダウンロード（あ、でも自己責任でお願いします）
ダウンロードしたらマウントしてみましょう（自己責任で）

↓するとこいつが

で、こちらを起動すると

↓こんな画面になります。

※すでにフォント変更した後のキャプチャです。

フォントだけじゃなく、ここでいろいろな設定が出来ます。
Safariも、今はデフォルトだと明朝体で、ゴシック等にしたい場合はいちいちSafari用のCSS作ってましたが、それもこれで一発OKのようです。

もっと早く調べれば良かったー。
ただ、Finder等のフォントは変更できましたが、タスクバーのメニューフォントは変わりませんでした。